Guía docente de la asignatura / materia:

Experimentación y Desarrollo Tecnológico en Ciencias Ómicas

Curso 2021/2022
Fecha última actualización: 17/07/2021
Fecha de aprobación por la Comisión Académica 22/07/2021

Máster

Máster Universitario en Biología Molecular Aplicada a Empresas Biotecnológicas (Bioenterprise)

Módulo

Módulo 1: Docencia Obligatoria

Rama

Ciencias

Centro Responsable del título

International School for Postgraduate Studies

Semestre

Primero

Créditos

3

Tipo

Obligatorio

Tipo de enseñanza

Presencial

Profesorado

  • Rafael Salto González
  • Jose Manuel Rodriguez Vargas
  • Mariam Sahrawy Barragan

Tutorías

Rafael Salto González

rsalto@ugr.es
Anual
  • Martes 11:30 a 14:30 (Despacho)
  • Jueves 11:30 a 14:30 (Despacho)

Jose Manuel Rodriguez Vargas

jmrodriguez@ipb.csic.es

Mariam Sahrawy Barragan

mariam.sahrawy@eez.csic.es

Breve descripción de contenidos (Según memoria de verificación del Máster)

• Técnicas de secuenciación masiva de DNA.

• Interacciones intragenómicas; Heterosis. Epistasis. Pleiotropía.

• Metagenómica.

• Análisis seriados de expresión génica (SAGE)

•  Identificación y cuantificación de la expresión de genes individuales. RT-PCR y PCR en tiempo real.

• Técnicas avanzadas de purificación e identificación de proteínas.

• Espectrometría de masas para la identificación de proteínas y péptidos: Electrospray y MALDI-TOF.

• Aspectos prácticos en la aplicación de técnicas metabolómicas. Resonancia magnética nuclear, espectrometría de masas, cromatografía de gases y técnicas cromatográficas utilizadas en metabolómica.

• Análisis de rutas metabólicas.

Prerrequisitos y/o Recomendaciones

Tener conocimientos en Biología Celular y Molecular

Competencias

Competencias Básicas

  • CB6. Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación.
  • CB7. Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.
  • CB8. Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.
  • CB9. Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.
  • CB10. Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.

Competencias Generales

  • CG01. Hablar bien en público. 
  • CG02. Asumir responsabilidades en lo que respecta al desarrollo de conocimientos y/o prácticas profesionales y a la revisión del rendimiento estratégico de equipos 
  • CG03. Desarrollar capacidades para preparar y gestionar proyectos de Investigación y/o de Desarrollo. 

Competencias Específicas

  • CE01. Adquirir conocimientos altamente especializados, algunos de ellos a la vanguardia en un campo de trabajo o estudio concreto, que sienten las bases de un pensamiento o investigación originales en el campo de la Biología Molecular y su relación con las empresas biotecnológicas. 
  • CE05. Ser capaces de plantear aproximaciones experimentales utilizando técnicas ómicas y modelos celulares y animales 
  • CE07. Poner en práctica políticas de calidad y de compromiso medioambiental. Esta competencia específica complementa a la CG2 
  • CE09. Saber utilizar los recursos científicos y de gestión necesarios en una empresa biotecnológica y desenvolverse con autonomía 

Resultados de aprendizaje (Objetivos)

• Capacidad de plantear aproximaciones experimentales utilizando técnicas ómicas.

• Familiarizarse con el procesamiento y análisis de los resultados obtenidos mediante el empleo de las diferentes ciencias ómicas.

• Conocer las innovaciones de las técnicas de arrays: Epigenética, interacciones DNA-proteína, detección de splicing alternativo.

• Saber procesar muestras para estudios proteómicos.

• Aprender a interpretar los datos de MALDI-TOF de proteínas y péptidos digeridos y utilizar las bases de datos necesarias para su identificación.

• Comprender las innovaciones de las técnicas de proteómica masiva.

• Conocer las innovaciones para el estudio de las interacciones funcionales de macromoléculas en las células y del metaboloma.

Programa de contenidos Teóricos y Prácticos

Teórico

Tema 1.- Introducción a las ciencias ómicas. Concepto, importancia, tipos de ciencias ómicas. Fundamentos esenciales de la caracterización y aislamiento de macromoléculas

Tema 2.- Introducción a la purificación de proteínas.

Parte 1: Proteómica

Tema 3.- Metodología aplicada a las ciencias proteómicas: Electroforesis bidimensional, técnicas de tinción y detección de proteínas en geles. Marcaje específico de proteínas. Caracterización mediante espectrometría de masas de proteínas: MALDI-Tof, electrospray, HPLC-masas, Fingerprinting. Técnicas específicas aplicadas a la caracterización de la expresión de proteínas mediante proteómica: DIGE y Silac, aplicaciones biológicas.

Tema 4.- Metabolómica: Metodos aplicados a la metabolómica y aplicaciones en el campo de la biomedicina y biotecnología.

Parte 2: Genómica y transcriptómica

Tema 5.- Genómica y transcriptómica, conceptos generales, aislamiento de ácidos nucleicos de alto rendimiento para la aplicación en técnicas ómicas. Retrotranscripción.

Tema 6.- Caracterización de la expresión génica en ciencias ómicas, Arrays de expresión, RT-PCR, métodos de normalización de la expresión, control de calidad en los experimentos genómicos y transcriptómicos.

Práctico

1.- Casos prácticos de purificación de proteínas y seguimiento de proteínas vegetales in vitro e in vivo. Herramientas múltiples para su caracterización.

2.- Análisis de la expresión génica por medio de arrays de expresión de células tumorales y control en cultivos celulares

3.- Análisis mediante técnicas de proteómica de cultivos celulares bacterianos que sobre-expresan o no diferentes proteínas recombinantes.

Bibliografía

Bibliografía fundamental

  • The Proteomics Protocols Handbook. Editors: Walker, John M. (Ed.) 2005 Springer
  • Transcriptomics in Health and Disease. Editors: Passos, Geraldo A. (Ed.) 2014 Springer
  • Genomic Applications in Pathology. Editors: George Jabboure Netto, Iris Schrijver. 2015 Springer
  • The Handbook of Metabolomics. Editors: Fan, Teresa Whei-Mei, Lane, Andrew N, Higashi, Richard M. (Eds.) 2012 Springer
  • Difference Gel Electrophoresis (DIGE): Methods and Protocols. Editors: Cramer, Rainer, Westermeier, Reiner (Eds.) 2012 Methods in Molecular Biology, Springer
  • Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture (SILAC): Methods and Protocols Editors: Warscheid, Bettina (Ed.) 2104 Methods in Molecular Biology, Springer

Metodología docente

  • MD01 Análisis de casos: En los que los estudiantes tendrán que aplicar conocimientos a las situaciones concretas planteadas, hacer apuestas por aquella solución más fundada en situaciones donde la información es incompleta, lo cuál es una práctica corriente entre los profesionales y servirá para elaborar ideas con las que diseñar proyectos de investigación. 
  • MD02 Trabajo colaborativo: Análisis y crítica de proyectos/artículos de innovación/investigación. 
  • MD03 Lecciones magistrales y asistencia a conferencias de profesorado invitado o conferencias organizadas por la universidad, etc. en donde el alumno pueda obtener una visión amplia del campo de estudio. Estas lecciones se complementarán con seminarios de discusión de ideas y aplicaciones. 
  • MD04 Prácticas de laboratorio o planta piloto y visitas a por unidades funcionales de empresas. En ambas se persigue el conocimiento de las diferentes metodologías de trabajo. En algunos casos sustituyen al análisis de casos, al tratarse de casos prácticos a resolver. 

Evaluación (instrumentos de evaluación, criterios de evaluación y porcentaje sobre la calificación final.)

Evaluación Ordinaria

Todo lo relativo a la evaluación se regirá por la Normativa de Evaluación y de Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada Normativa. Las pruebas de evaluación de la adquisición de las competencias serán diversificadas. La evaluación se realizará mediante:

• SE1. Exámenes escritos y orales sobre las materias.

• SE3. Exposiciones orales, individuales o en grupo, de trabajos sobre contenidos de la materia (seminario) y sobre ejecución de tareas prácticas correspondientes a competencias concretas.

• SE4. Observación por los profesores y tutores de las conductas que realiza el alumno en la ejecución de tareas o actividades que se correspondan con las competencias, así como el grado de participación.

La superación de cualquiera de las pruebas no se logrará sin un conocimiento uniforme y equilibrado de toda la materia.

Calificación

El sistema de calificaciones se expresará mediante calificación numérica de acuerdo con lo establecido en el Art. 5 del R. D 1125/2003, de 5 de septiembre, por el que se establece el sistema europeo de créditos y el sistema de calificaciones en las titulaciones universitarias de carácter oficial y validez en el territorio nacional. La calificación, será:

1. los exámenes supondrán un 30% de la calificación final.

2. las tareas especializadas otro 30%.

3. la elaboración y exposición de trabajos etc. otro 30%.

4. la participación y actitud un 10%.

Evaluación Extraordinaria

El artículo 19 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que los estudiantes que no hayan superado la asignatura en la convocatoria ordinaria dispondrán de una convocatoria extraordinaria. A ella podrán concurrir todos los estudiantes, con independencia de haber seguido o no un proceso de evaluación continua. De esta forma, el estudiante que no haya realizado la evaluación continua tendrá la posibilidad de obtener el 100% de la calificación mediante la realización de una prueba y/o trabajo.

  • Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación

Evaluación única final

El artículo 8 de la Normativa de Evaluación y Calificación de los Estudiantes de la Universidad de Granada establece que podrán acogerse a la evaluación única final, el estudiante que no pueda cumplir con el método de evaluación continua por causas justificadas.

Para acogerse a la evaluación única final, el estudiante, en las dos primeras semanas de impartición de la asignatura o en las dos semanas siguientes a su matriculación si ésta se ha producido con posterioridad al inicio de las clases o por causa sobrevenidas. Lo solicitará, a través del procedimiento electrónico, a la Coordinación del Máster, quien dará traslado al profesorado correspondiente, alegando y acreditando las razones que le asisten para no poder seguir el sistema de evaluación continua.

La evaluación en tal caso consistirá en:

  • Examen escrito sobre el contenido del módulo con un peso del 100% sobre la calificación

Información adicional

Escenario A (Enseñanza-Aprendizaje presencial y tele-presencial)

Horario (Según lo establecido en el POD)

Se mantiene el horario presencial

Herramientas para la atención tutorial (Indicar medios telemáticos para la atención tutorial)

Google meet; PRADO2; Skype

Medidas de adaptación de la metodología docente

  • En caso necesario, las clases presenciales se impartirán en grupos con un número máximo de 25 alumnos. Los grupos de prácticas se dividirán para adaptarse a la capacidad de los laboratorios

Si el número de alumnos no permite la presencialidad de todos, las clases se emitirán en streaming para aquellos alumnos que no puedan asistir

Ordinary assessment session

  • La exposición de los trabajos se podrá realizar de forma virtual a través de la plataforma google meet.
  • Los exámenes se realizarán virtualmente en la plataforma PRADO

Extraordinary assessment session

Se realizará un examen oral de forma virtual, a través de las plataformas disponibles en la UGR, sobre los contenidos especificados en la guía docente. El examen tendrá una duración máxima de una hora

Single final assessment

Se realizará un examen oral de forma virtual, a través de las plataformas disponibles en la UGR, sobre los contenidos especificados en la guía docente. El examen tendrá una duración máxima de una hora

Escenario B (Suspensión de la actividad presencial)

Horario (Según lo establecido en el POD)

Se mantiene el horario presencial

Herramientas para la atención tutorial (Indicar medios telemáticos para la atención tutorial)

Google meet; PRADO2; Skype

Medidas de adaptación de la metodología docente

  • Impartición de las clases teóricas en streaming a través de la plataforma google meet, o plataforma similar (Zoom). 
  • Virtualización de la docencia práctica a través de las plataformas ya indicadas

Ordinary assessment session

  • La exposición de los trabajos se podrá realizar de forma virtual a través de la plataforma google meet.
  • Los exámenes se realizarán virtualmente en la plataforma PRADO

Extraordinary assessment session

Se realizará un examen oral de forma virtual, a través de las plataformas disponibles en la UGR, sobre los contenidos especificados en la guía docente. El examen tendrá una duración máxima de una hora

Single final assessment

Se realizará un examen oral de forma virtual, a través de las plataformas disponibles en la UGR, sobre los contenidos especificados en la guía docente. El examen tendrá una duración máxima de una hora